Я не верю, что существует жесткое ограничение, единственное, что действительно ограничивает вас, это ваше оборудование и трафик, который будут получать эти базы данных.
Кажется, у вас очень мало памяти, что, вероятно, означает, что у вас нет большого количества соединений ...
Вы должны начать с профилирования использования для каждой базы данных (или набора баз данных, в зависимости от того, как они используются, конечно).
Мое предложение - MySQL (или любой другой сервер баз данных в этом отношении) мог бы использовать больше памяти. Тебе никогда не хватит.