С помощью inno setup вы можете поместить множество файлов в один exe-файл и выполнить любой из этих файлов во время установки.
Установщик внутри установщика потребует от вас проверки, что все работает хорошо.Например, вы можете захотеть, чтобы этот установщик inno setup не регистрировал деинсталлятор (потому что ClickOnce может зарегистрировать правильный).
К сожалению, ваш вопрос не дает четкого ответа.В качестве отправной точки вы должны загрузить inno setup и взглянуть на примеры:
setup.iss покажет множество возможностей inno.Обратите внимание и как включать и запускать файлы: разделы [Files] и [Run] скрипта.