Если не использовать обработчик Apache для прикосновения к внутренним структурам данных auth *, лучше всего прибегнуть к переменным среды. Вы должны установить переменную окружения верхнего уровня, используя apache_setenv в своем коде PHP
apache_setenv('USERID','jrodriguez',true);
, а затем запишите значение в файл журнала с записью LogFormat в конфигурации Apache, используя "% {USERID} e" вместо "% u"
LogFormat "%v:%p %h %l %{USERID}e %t \"%r\" %>s %O \"%{Referer}i\" \"%{User-Agent}i\"" envuid_combined
CustomLog /path/to/access.log envuid_combined
Конечно, реальные учетные данные при выполнении фактического HTTP-аутентификации будут потеряны навсегда, поэтому рассмотрите возможность сохранения% u где-нибудь еще - либо в новом поле, либо в параллельном файле журнала.