Факт
Тысячи строк могут быть обработаны php.
Мое предположение
Скорее всего, вы будете извлекать данные из базы данных и сохранять их в массив, а затем будете циклически записывать строки.
Это съест память.
Мое предложение
Попробуйте записать в pdf во время загрузки из базы данных. удалить шаг сохранения в массив.
проверка времени выполнения и памяти, выделенной в php ini.
Наконец, когда вы генерируете его, думайте, что PDF справится с этим или нет :-)
конечно, он будет иметь огромный размер.