Использовать вид проекта -> щелкнуть правой кнопкой мыши на файле -> рефакторинг -> переименовать файл
По умолчанию для этого рефакторинга не назначены ярлыки (Использование Intellij 12.1.6)
Рефакторинг | Переименовать, как упомянул CrazyCoder, у меня не работает. Расширение файла не отображается.