Если я сделаю это:
loadjava -u user1 MyClass.class loadjava -u user2 MyClass.class
различаются ли два определения классов?т.е. я могу установить новую версию в user2, не затрагивая код, на который ссылается user1?
Вы загружаете класс Java в другую схему - это разные объекты - если вы обновите один из этих объектов, второй не пострадает. Я много раз загружал jar в тестовую и корпоративную схемы в одном экземпляре Oracle.