java.io.File - это абстракция от конкретной обработки файлов.Если вы используете java.io.File в своем коде, код должен работать на всех платформах Java.
Jar не является файловой системой os.Поэтому нет смысла применять java.io.Files из базовых классов Java.
Я не хочу сказать, что это невозможно.Может быть, это имеет смысл для определенного приложения, и есть библиотека для такой абстракции.