Во-первых, вы действительно не должны хранить файлы 3 ГБ в SVN. Шутки в сторону. Небольшие двоичные файлы в порядке, но в остальном SVN и их двоюродные братья и сестры по управлению исходным кодом действительно предназначены для исходного кода , а не для файлов 3 ГБ.
Ошибка Entity Too Large поднимается Apache. Apache 2.2 поддерживает файлы, загруженные более 2 ГБ, но, возможно, Subversion этого не делает, или, возможно, вы используете Apache на компьютере с Windows. В любом случае ваш вопрос больше подходит для ServerFault .