Когда тема поставляется в комплекте с собственными плагинами, конечный пользователь получает указание установить ее в / wpcontent, а не в обычный каталог / wp-content / themes, чтобы плагины и файлы тем устанавливались в соответствующих местах. Вы хотите такое разделение между формой и функцией.
Тема должна включать в себя подключения к этим плагинам, а затем администратор должен активировать их после установки.
Упаковка вашей темы таким образом - это то, что вы пытаетесь сделать; мы просто немного расширили определение темы, включив в нее каталог плагинов.
Если вы решили, что каталог плагинов является подкаталогом темы, я не уверен, что или как это выполнимо, но это плохая практика, потому что она не поддерживает разделение между формой и функцией.