В настоящее время нет способа протестировать приложения Flex с использованием Perl. Selenium работает с использованием Javascript, поэтому, если ваш Flex имеет ExternalInterface, который можно использовать для тестирования, вы можете использовать Selenium.
Лучшим вариантом для тестирования вашего приложения Flex будет FlexUnit. У этого есть способы автоматизировать тестирование GUI.