Посмотрите в Project - Свойства - Flex Compiler - Дополнительные аргументы компилятора.Если он там, как файл настроек службы или что-то в этом роде, будет добавлен.
Если нет, попробуйте очистить проект и сделать еще одну сборку выпуска.
Если это все еще не сделано,измените имя с config на другое, так как config.xml может быть специальным именем, которое вставляет XML-файл в сборку выпуска.