Единственное ограничение, как я вижу, это фактический размер файла, который поддерживает файловая система.
Я успешно создал резервную копию нескольких ГБ данных с помощью mysqldump. Или вы говорите о нескольких сотнях ГБ или даже ТБ?
Имейте в виду, что файл дампа, сгенерированный mysqldump, может быть больше ваших реальных данных в зависимости от того, сколько у вас индексов.