Кажется, действительно очень медленно. Например, примерно эквивалентный поиск, который я выполнял на PostgreSQL, почти слишком быстр для измерения (то есть, вероятно, быстрее, чем 1 мс).
Я не знаю много о MongoDB, но уверены ли вы, что геопространственный индекс действительно включен? (Я спрашиваю, потому что в РСУБД легко определить таблицу с геометрическими / географическими столбцами, но при этом не определить надлежащим образом фактическую индексацию, и вы получите примерно ту же производительность, что и то, что вы описываете).