Да, так работает прозрачность.Не только для глаз пользователя, но и для того, что мышь видит левым глазом.Должен работать таким образом, большая путаница пользователей, если это не так, нет возможности изменить его.
Обходной путь - показать поддельную версию рабочего стола.Снимок экрана.То, что делает когда-либо популярный инструмент Windows Snipping Tool.Пример кода в этой теме .