ZipFile (и, соответственно, JarFile) молча игнорирует файлы с кодировкой имени файла, отличной от UTF-8, кажется.
ZipFile имеет и другие проблемы, начиная с вводящих в заблуждение исключений и продолжая.Избегайте чумы.Используйте ZipFile от commons-compress.