Термин ВМ в статье совершенно неверен. На самом деле он описывает, что PHP компилирует скрипты в байт-код, и этот байт-код будет интерпретирован, в PHP нет vm.
Операции с байт-кодом (код операции) являются лишь эффективным представлением сценария php для выполнения операторов один за другим и правильного хранения результатов. Взгляните на «Абстрактное синтаксическое дерево», чтобы полностью понять байт-код и их преимущества для каждого языка.