Можете ли вы уточнить "игнорировать"?Если у вас есть root, настроенный как:
/system
.htaccess
index.php
somefile.html
CI проигнорирует somefile.html.Если кто-то напрямую запросит site.com/somefile.html, сервер будет обслуживать файл.Однако, если вы предотвратите это, jQuery также не сможет получить к нему доступ.