Если у вас есть две конечные точки MEX, каждая из которых нуждается в отдельном адресе - назовите один «mex», затем назовите другой «mex2» или что-то еще:
<service behaviorConfiguration="MyServiceBehavior" name="MyRunner">
<endpoint address="netTcp" binding="netTcpBinding" bindingConfiguration="" contract="IMyRunner">
<identity>
<dns value="localhost" />
</identity>
</endpoint>
<endpoint address="basicHttp" binding="basicHttpBinding" bindingConfiguration="" contract="IMyRunner">
</endpoint>
<endpoint address="mex" binding="mexHttpBinding" bindingConfiguration="" contract="IMetadataExchange" />
<endpoint address="mex2" binding="mexTcpBinding" bindingConfiguration="" contract="IMetadataExchange" />
<host>
<baseAddresses>
<add baseAddress="net.tcp://localhost:9876/MyService/netTcp" />
<add baseAddress="http://localhost:9877/MyService/basicHttp" />
</baseAddresses>
</host>
</service>
(ОК, поэтому, согласно комментариям ОП, он не размещается в IIS, так что это не имеет значения)
Также: вы хостинг в IIS? В этом случае ваши базовые адреса (по крайней мере, HTTP) не имеют смысла - сервер, виртуальный каталог и местоположение файла SVC будут определять ваш служебный адрес:
http://YourServer/YourVirtualDirectory/SubDirectory/YourService.svc/basicHttp
для вашей "нормальной" сервисной конечной точки или
http://YourServer/YourVirtualDirectory/SubDirectory/YourService.svc/mex
для вашей конечной точки MEX на основе HTTP.