Почему бы вам не добавить что-то уникальное в ваше имя файла? Есть ли какой-то параметр, который вы передаете в JVM, который вы можете использовать, чтобы различать их?
Вы можете использовать имя хоста и временную метку, но это не очень приятно:
-Xloggc:/path/to/gc-$HOSTNAME-$(date +%Y%m%d-%H%M%S%N).log