Что вы имеете в виду, это файл favicon.ico, который установлен на вашем сервере, а не в вашем приложении Flex. В зависимости от настроек вашего сервера это может быть так же просто, как удаление файла favicon.ico, который вы создаете в том же каталоге, что и ваше приложение. Файл favicon.ico должен иметь определенный формат (.ico) и обычно имеет размер 16x16 пикселей, хотя формат .ico допускает несколько размеров в одном и том же файле.