MySQL сообщит вам по ошибке, если в вашем SQL есть неразрешимая неоднозначность.
Если вы хотите сослаться на определенное поле, которое также существует в другой таблице (или той же самой таблице, если вы выполняете соединение для себя), используйте полные поля
SELECT * FROM table_one, table_two WHERE table_one.common_reference = 42
и / или псевдоним таблицы
SELECT * FROM table_one T1a, table_one T1b WHERE T1a.common_reference = 42
NB. Справедливое предупреждение, как отметил Мчл, это декартовы произведения, а не типичные объединения.