У меня была такая же проблема, и я исправил ее, выполнив Spring Tools |Включите Spring Aspect Tooling в моем проекте.
Мои классы были сгенерированы Roo и добавлены (у меня было слишком много проблем с этим), и я просто добавил их в новый проект Google Web Application, который я создал(таким образом, он использует макет приложения GAE с каталогом war, а Maven ни для чего, по крайней мере, пока).