В прошлый раз, когда я проверял, Apache POI не поддерживал эту функцию. Если вам известно какое-либо решение, бесплатное или коммерческое, предложите.
Apache POI поддерживает поддержку автофильтра, хотя это довольно недавняя функциональность.
Просто вызовите setAutoFilter() на рабочем листе в POI с диапазоном ячеек, который вы хотите отфильтровать. Смотрите документацию: http://poi.apache.org/apidocs/org/apache/poi/ss/usermodel/Sheet.html#setAutoFilter%28org.apache.poi.ss.util.CellRangeAddress%29
setAutoFilter()