У меня была похожая проблема с Glassfish некоторое время назад. Ваша проблема может быть в том, что myEclipse определил свой собственный сервер приложений weblogic и не использует тот, который у вас есть на вашем компьютере. Чтобы изменить настройки и установить свой сервер weblogic по умолчанию, перейдите в Window-> Preferences-> MyEclipse-> Servers-> WebLogic-> WebLogic9.x и укажите каталог установки и любые другие необходимые параметры.