Я использую Eclipse Builder, а не Ant.На самом деле я определил web.xml в другой папке.Так что теперь у меня есть два web.xml, один для welogic с большим количеством специфических для weblogic вещей, таких как фильтры.И у меня есть еще один для разработки, который я поместил в другую папку, в веб-проекте и добавил эту папку в дескриптор развертывания для Tomcat в Eclipse.Так что теперь, когда я развертываю приложение, web.xml для tomcat, который находится в указанной мной папке, записывает web.xml, присутствующий в папке web-INF (в каталоге развертывания).Смотрит мне хороший обходной путь.