Это не мешает ответу Стефана делать то, что вы хотите:
<HyperLinkButton Content="OpenApp" NavigateUri="/mypathtomyapp" TargetName="_blank" />
где / mypathtoMyApp - это URI вашего приложения относительно корня сервера (кажется, вы объясняете, что они находятся на одном сервере) NavigateUri может содержать относительный или абсолютный URI.
Предположим, что ваши приложения размещены соответственно на страницах SL1.aspx и SL2.aspx, расположенных в корневом каталоге сервера (адресная строка вашего браузера содержит что-то вроде http://localhost/SL1.aspx)
<HyperLinkButton Content="OpenApp" NavigateUri="/SL2.aspx" TargetName="_blank" />
в приложении SL1 запустит приложение SL2 в новом окне браузера.