Не как метод расширения, нет;сопоставленные функции должны вызываться как функции экземпляра из контекста данных, т.е.
partial class MyDataContext
{
[Function(Name="MySqlFunctionName", IsComposable=true)]
public ReturnType FunctionName(...args...)
{ ... optional C# impl for AsEnumerable(),
else throw NotImplementedException... }
}
, и использоваться в некоторой форме, такой как:
using(var dc = new MyDataContext(...))
{
var qry = from ...
where dc.FunctionName(row.CreationDate) == 'Whatever'
...
}