На ум приходит одна из главных причин - новые версии. Предполагая, что 3 компьютера подключены к сети, развертывание Clickonce на сервере (не на карте памяти) позволяет автоматически проверять наличие обновлений, загружать и устанавливать новые версии каждый раз, когда пользователь запускает ваше приложение.