Вы можете сделать это с помощью простого обновления:
UPDATE your_table SET password_col = ENCRYPT(password_col,'some salt')
Или, если вы используете LOAD DATA INFILE для заполнения таблицы, вы можете шифровать пароли:
LOAD DATA INFILE '/tmp/data.csv' INTO TABLE your_table
(col1,...,@password,...,coln)
set password_col = ENCRYPT(@password,'some salt')