Это вариант использования preg_replace. Регулярные выражения наших друзей:
$txt = preg_replace("#<!DOCTYPE(.*?)\]>#sim", "", $txt);
(.*?)
здесь соответствует самой короткой из возможных строк. И ""
это замена.
Но вы уверены, что ]>
- это правильная строка для поиска в качестве терминатора?