Если вы используете * nix, вы можете использовать модуль select для опроса дескриптора файла stdout
import subprocess
import select
poller = select.epoll()
P = subprocess.Popen ("command", stdout=subprocess.PIPE)
poller.register(P.stdout, select.EPOLLHUP)
while True:
#block indefinitely: timeout = -1
#return immediately: timeout = 0
for fd, flags in poller.poll(timeout=0)
foo = P.stdout.readline()
#do something else before the next poll