Это может работать для репликации моментальных снимков, но я не уверен, что это будет работать с репликацией транзакций. Единственное требование к таблице для ее репликации - наличие первичного ключа, позволяющего уникально идентифицировать каждую строку.
Вы можете попытаться приостановить репликацию, а затем попытаться отбросить ограничение первичного ключа, воссоздать его как некластеризованный PK и затем приостановить репликацию. Если SQL Server не позволит вам сбросить ПК, вы узнаете, прежде чем нанести какой-либо ущерб.
Альтернатива - прервать репликацию и повторно инициализировать ее.
В любом случае, вы захотите внести изменения во время периода обслуживания.