Если у вас есть администратор MySQL или даже phpmyadmin, это должно быть довольно просто.
Переведите все приложения, использующие базы данных, в автономный режим (чтобы ничего не изменилось), Сценарий базы данных, используя один из множества параметров экспорта, иубедитесь, что вы записываете данные, схему и любые другие свойства, но не операторы DATABASE CREATE.
Запустите сценарий для второй базы данных.
ПРИМЕЧАНИЕ. Эту опцию следует запускать ТОЛЬКО в том случае, если вы уверены на 100%, что в обеих базах данных нет перекрытия схемы !!!!