К вашему сведению, в loback и Intellij 13 это работало для меня:
<pattern>%d{dd-MM-yyyy} %d{HH:mm:ss} %p %m - at %C.%M\(%F:%L\)%n</pattern>
Примечание: мне нужно было "at", а также мне нужно было избегать скобок. Также заглавная "C" - это полное имя класса в logback.
С этим конфигом я получаю вывод как:
10-06-2014 10:10:58 INFO Bean 'mbeanServer' of type [class com.sun.jmx.mbeanserver.JmxMBeanServer] is not eligible for getting processed by all BeanPostProcessors (for example: not eligible for auto-proxying) - at org.springframework.context.support.AbstractApplicationContext$BeanPostProcessorChecker.postProcessAfterInitialization(AbstractApplicationContext.java:1374)
И последняя часть в скобках отображается как ссылка в Intellij.