Не видя больше кода, я бы предпочел установить WorkingDirectory вашего класса StartInfo в любой каталог, из которого он работает, в командной строке.
ProcessStartInfo startInfo = new ProcessStartInfo(@"\path\to\latex\latex.exe");
startInfo.WorkingDirectory = @"\path\to\latex";
Раньше я сталкивался с этой проблемой с другими EXE-файлами, и это, похоже, решило проблему.