Любые различия могут быть незначительными. Загрузка классов будет медленнее, но не намного. (Как часть модели безопасности CLR, проверки выполняются, когда выполнение пересекает границы сборки.) Если имеет смысл разрабатывать отдельные сборки, сделайте это. Вы всегда можете выполнить рефакторинг и / или перекомпиляцию в одну сборку, если у вас возникнут проблемы с производительностью. Это интересный вопрос, но не о чем беспокоиться заранее для большинства сценариев разработки.