Опция jQuery - просто поместить изображение водяного знака поверх того, которое делает Google Charts, но оригинал все еще будет доступен.
Опция PHP - генерировать QR-изображение с помощью запроса скручивания, считывать данные растрового изображения, смешивать их с помощью GD или ImageMagick, затем сохранять их где-то и отображать.
Водяной знак может помешать алгоритму сканирования, особенно при чтении с плохой камеры.