Поскольку вы не указали, делаете ли вы это уже, в документации указано, что вы должны периодически запускать git gc
:
Пользователям рекомендуется запускать эту задачу на регулярной основе в каждом хранилище, чтобы поддерживать хорошее использование дискового пространства и хорошую производительность.
Очевидно, что это не испортит вашу историю, но это должно немного уменьшить размер репо, если вы его не запускали. Не бойтесь добавить туда параметр --aggressive
.