Я думаю, что вы делаете, задаете фоновое изображение и затем применяете фильтр поверх этого.Вам НЕ нужно указывать фоновое изображение для IE6, а только применять фильтр.
В противном случае вы получаете фоновое изображение (без прозрачности PNG), а затем применяете фильтр поверх него - эффективно показывая два PNG-изображения, но только верхний является прозрачным.
Кроме того, дваждыпроверьте ваш src-путь для фильтра - я считаю, что он работает по-другому, чем CSS-пути URL (т. е. путь относительно местоположения страницы, а не файла CSS)