Я написал свою собственную библиотеку для этого.Вот ссылка:
http://www.2shared.com/file/sQdjb6aG/jtray.html
Использование:
import javax.swing.jtray.*;
JTrayIcon.initSystemTray();
JTrayIcon icon = new JTrayIcon(img, "Tooltip", jpopupmenu);
icon.displayMessage(null, "Title", "Multiline\nsecondline", 3000); // 3 seconds
Библиотека использует несколько грязных трюков, поэтому, возможно, она может не работать на любой платформе Linux, так какхорошо как в Ubuntu.Он также должен работать для Windows и OSX.