Я не уверен, какой инструмент вы используете для слияний, но похоже, что он выполняет 3-стороннее слияние . Левая панель обычно является общим предком, средняя панель - это файл, в который вы объединяете, а правая панель - ваши изменения в файле.
Мне действительно нравится kdiff3 (бесплатный и открытый исходный код) для слияний, и я бы порекомендовал его, если используемый вами инструмент не работает для вас. Это в документации Mercurial в качестве примера слияния, которое они используют во многих местах.