Используйте sed (или другую командную строку) для замены набора символов другим набором - PullRequest
5 голосов
/ 16 августа 2010

Мне нужно инвертировать текстовую строку ДНК, изменив все А на Т, Т на А, C-> G и G-> C.

Могу ли я элегантно обработать это в sed (или другой командной строке) без целой цепочки sed глобальных команд замены?

Ответы [ 2 ]

6 голосов
/ 16 августа 2010

используйте tr.
кошачий файл | TR ATCG TAGC

5 голосов
/ 16 августа 2010

это то, как вы делаете это с помощью sed

$ echo "test ATCG GATC test" | sed 'y/ATCG/TAGC/'
test TAGC CTAG test
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...