Используйте тип модуля Java для приложений Java командной строки. Построить | Build Jars поможет вам создать исполняемый файл JAR, который можно запустить из командной строки:
java -jar jarname.jar
Если вам нужен собственный исполняемый файл Windows, рассмотрите возможность использования некоторых сторонних инструментов, таких как Launch4j .