Я предполагаю, что веб-сервис проверяет лицензионный ключ, введенный во время установки. Не могли бы вы выполнить проверку ключа при первом запуске программы? Это может избавить вас от головной боли.
В противном случае посмотрите на событие BeforeInstall класса Installer. Это выполняется после сбора всей информации, но до начала фактической установки; идеальное место для размещения кода, который должен выполняться перед копированием файлов. Если вам необходимо выполнить эти файлы или выполнить другую настройку для вызова веб-службы, попробуйте использовать BeforeCommit (который по-прежнему позволяет откатить установку в случае сбоя проверки).