На этапах сборки teamcity попробуйте это.
На обоих этапах сборки используйте одно и то же решение. Это дерьмо, но лучше нет.
buildstep0
тип бегуна: msbuild
Параметры командной строки: / p: Configuration = Debug
buildstep1
тип бегуна: msbuild
Параметры командной строки: / p: Configuration = Release