Возможно, вы захотите рассмотреть возможность использования областей и удаления папки Portal, поскольку это всего лишь оболочка.
Таким образом, вы получите что-то вроде этого:
-Areas
---Accounting
------Controllers
---------CashController.cs
---------BankController.cs
------Views
---------Cash
------------Index.aspx
------------List.aspx
---------Bank
------------Index.aspx
---HR
------Controllers
---------EmployeesController.cs
------Views
---------Employees
------------Index.aspx
------------Employee.aspx
Подробнее об областях здесь
Или просто используйте любую желаемую структуру и измените пространства имен так, чтобы они соответствовали стандартным (не рекомендуется).