Было бы намного легче читать, если бы в вашем сообщении были правильно сохранены разрывы строк.
В любом случае, я ожидаю, что вам понадобится две копии нескольких вещей в Makefile, например, в форме
all : all-platform1 all-platform2
stuff-platform1 : requirements
$(CC1) whatever
stuff-platform2 : requirements
$(CC2) whatever
Вполне возможно, что вы сможете автоматически сгенерировать такой make-файл, чтобы сэкономить некоторые усилия.