Цитата из этой темы
Z-индекс не является абсолютным измерением. Элемент с z-index: 1000 может находиться позади элемента с z-index: 1 - до тех пор, пока соответствующие элементы принадлежат разным контекстам стека.
Когда вы указываете z-index, вы указываете его относительно других элементов в том же контексте стека, и, хотя в параграфе спецификации CSS на Z-index говорится, что новый контекст стека создается только для позиционированного контента с z- Помимо индекса auto (т. е. весь документ должен представлять собой один контекст стекирования), вы создали позиционный диапазон: очевидно, IE интерпретирует это как новый контекст стека.
UPDATE
Добавьте следующую css-страницу на вашу страницу
#header
{
position:relative;
z-index: 2;
}
#content-wrap
{
position:relative;
}