WinForms довольно слабы для такого рода вещей - WPF намного лучше справляется с подобными ситуациями. Вы могли бы сделать пару вещей:
1) HACK! Создайте новую немодальную форму без полей, содержащую элемент управления ожиданием, и поместите его поверх существующей формы. Кстати, вы не можете назначить прозрачность ни одному из готовых элементов управления WinForms. Убедитесь, что при перемещении существующей формы ваша новая форма перемещается. Это полный взлом.
2) Создайте свой собственный элемент управления WinForms с нуля и закрасьте существующую форму. Высокое соотношение цены и вознаграждения.
3) Используйте WPF для этой формы, что позволит вам гораздо больше гибкости. Это совершенно новая структура ... Только для одной формы?
4) Временно скрыть график и просто сделать вашу панель прогресса действительно красивой.