Получите объект, сохраненный в PersistentObject, приведите этот объект к тому типу, которым он должен быть, внесите ваши изменения и затем передайте результаты обратно в PersistentObject, чтобы ваш код выглядел примерно так:
PersistentObject perstObj = PersistentStore.getPersistentObject(<UNIQUE KEY>);
MyClass myObj = (MyClass) perstObj.getContents();
//Make whatever changes you need to myObj
perstObj.setContents(myObj);
perstObj.commit();